Históricamente, el Instituto San Pablo le ha otorgado un lugar destacado a la educación física, destinándole más recursos y más tiempo que lo que suele ser usual en colegios de características similares.
El Área de Educación Física se implementa un intenso programa orientado a promover el desarrollo psicofísico armónico y las conductas saludables de los alumnos a partir del Nivel Inicial, valiéndose para ello de juegos motores, gimnasia y deportes que se realizan a lo largo de cada ciclo lectivo.
Las clases de educación física se dictan en el Patio principal del jardín para los más pequeños. A partir de primer ciclo comienzan a realizar las actividades en nuestro polideportivo.
Dada la importancia de la actividad física en la formación del individuo y en la adquisición de valores tales como el compañerismo, el respeto, el sacrificio y la solidaridad.
La actividad anual se organiza con muestras de cada sección.